تم استحداث شعبة ضمان الجودة وتقويم الاداء في عام 2008 وترتبط ادارياً وفق هيكلية المعهد بالسيد عميد المعهد (رئيس لجنة ضمان الجودة والاعتمادية) وتتكون الشعبة من
ثلاث وحدات وهي :
1- وحدة ضمان الجودة .
2- وحدة تقييم الاداء
3- وحدة الاعتماد المختبري .